萧县博物馆成立于1978年，馆址设在萧县孔庙院内。萧县孔庙始建于宋绍圣年间，原址在萧县北辰集，元末毁于兵，明代洪武年间又建于萧县三仙台北，后又俱圮起于水。明万历年间，萧城迁至凤山南麓，重建于萧县城民治街。清顺治《萧县志》对其建筑作了如下描述：“中为先师庙，东西为厢房，前为庙门，门外东为名宦、西为乡贤二祠；前为泮池，跨以石桥，又前为棂星门，门之前为屏墙；棂星门西为儒学大门，由大门西北，东向为仪门。先师庙后为明伦堂，堂东为崇德斋，西为广业斋，东门为启圣祠，堂西北为敬一箴亭。”古代是祭祀孔子的地方。因建筑年代久远，风雨剥蚀、战火焚毁及文革破坏，萧县孔庙几乎面目全非。萧县博物馆成立后，在各级政府的重视下，对孔庙主要建筑进行了维修工作。目前主要建筑有：戟门、大成殿、东西廊庑、崇圣祠、崇德斋、太和元气、石牌坊等，呈主侧三组三进院落格局，是淮北地区一处典型的明代建筑群落。

萧县博物馆属地方综合性博物馆，国家事业单位，隶属萧县文化局。下设办公室、保卫组、群工组、文物执法队。现有职工16人，其中高级职称3人，中级职称1人，初级职称12人。

萧县博物馆现有各类文物藏品4079件，其中一级文物18件，二级文物69件，三级文物348件。馆藏文物中，以新石器时期的石器、玉器、汉代陶器、画像石、宋代萧窑瓷器居多，而又以汉代画像石、宋代萧窑瓷器更具地方特色。现在馆内设有“汉代出土文物小型基本陈列展”。